Еще большие разрушения были скрыты в Мексиканском заливе на глубине около двух километров. Исследования на месте катастрофы начались всего через несколько месяцев после разлива нефти с использованием глубоководных аппаратов с дистанционным управлением. Драматические потери глубоководного биоразнообразия сразу после разлива были задокументированы исследователями Университета штата Луизиана. Дополнительные обследования продолжались в течение одного года, до лета 2011 года. Сбор донных отложений с специальных судов отслеживал медленное восстановление жизни. Отмечалось сокращение биоразнообразия от 40 до 90% на дне океана вплоть до 2014 года.
